Le Syndicat mixte est présidé par M. Sylvain MATHIEU, vice-président du Conseil régional de Bourgogne-Franche-Comté.
Il est entouré de quatre vice-présidents :
M. Christian GUYOT, 1er vice-président, élu référent GEMAPI, maire de Saint-Père (Yonne).
Mme Catherine AMIOT, vice-présidente du Parc, 4e vice-présidente du départemental de Saône et Loire.
Mme Jocelyne GUÉRIN, vice-présidente du Parc, conseillère départementale du canton de Luzy et maire de Luzy (Nièvre).
M. Cyril BRULÉ, vice-président du Parc, président des groupes de travaux « Ecomusée – Patrimoine », « Paysage », « Loup », et élus référent à la « Maison du Parc » du Parc naturel régional du Morvan, conseiller municipal de Villiers-en-Morvan (Côte-d’Or)
Le Comité syndical réunit 195 délégués représentant les communes, les communautés de communes, les départements, la Région.
Un bureau de 45 membres exerce ses pouvoirs par délégation du Comité syndical, conformément à la délégation de pouvoir qui lui est accordée.
Il élit le président, les vice-présidents ainsi que les présidents de commission.
Le Comité peut déléguer une partie de ses attributions au Bureau, à l’exception :
- du vote du budget,
- de l’approbation du compte administratif,
- des décisions relatives aux modifications des conditions initiales de composition de fonctionnement et de durée du Syndicat,
- de l’adhésion du Syndicat à un établissement public,
- des mesures de même nature que celles visées à l’article L.1612-15 du Code général des collectivités territoriales,
- de la délégation de la gestion d’un service public.
Le Bureau établit le projet de budget du Syndicat en temps utile afin qu’il puisse être communiqué aux financeurs avant leurs sessions budgétaires et présenté au Comité syndical pour qu’il le vote dans les délais prescrits par la loi.
Le travail s’effectue au sein de commissions transversales, réunissant les élus pour construire des projets, proposer des actions, des avis. Des groupes de travail, à géométrie variable selon les sujets et l’actualité, viennent compléter ces commissions en réunissant élus, socioprofessionnels, associations, techniciens.